Etter avstemming av en merverdiavgifttermin, skal merverdiavgiften bokføres i regnskapet. Når merverdiavgiftsoppgaven blir bokført, tømmes f.eks konto 2701 Utgående merverdiavgift, høy sats og konto 2711 Inngående merverdiavgift, høy sats og avregnes mot hverandre på konto 2740 Oppgjørskonto (gjelder alle merverdiavgiftssatser). Resultatet på kontoen viser om det er skyldig eller til gode merverdiavgift. Saldoen på kontoen skal alltid være lik siste innsendte merverdiavgiftsoppgave. Alternativt stå i null etter at merverdiavgift er betalt eller refundert.
Når betaling eller beløp til gode betales/innbetales skal dette føres mot konto 2740 Oppgjørskonto, slik at kontoen blir utlignet og står i null.
Ved for sen betaling, er det viktig at det ikke blir bokført gebyrer og renter mot kontoen, for da vil saldoen avvike fra innsendte oppgaver.